O Programa Pesquisa para o Sistema Único de Saúde é uma iniciativa de gestão compartilhada em saúde que visa apoiar pesquisas direcionadas para solução de problemas prioritários da saúde da população. No entanto, apresenta como desafio a incorporação dos resultados das pesquisas no Sistema Único de Saúde. Diante disso, o trabalho teve como objetivo realizar a caracterização dos projetos financiados pelo Programa Pesquisa para o SUS do estado da Bahia, de modo a classificá-los segundo os objetivos do Programa, fazendo um contraponto com os critérios de julgamento estabelecidos em quatro editais já finalizados. Trata-se de uma pesquisa documental, de caráter exploratório e de natureza qualitativa. Como instrumento de coleta de dados secundários utilizou-se os Editais Nº 020/2010, 020/2013, 030/2013 e 003/2017 e os resumos dos projetos selecioandos. Para organização e tratamento dos dados utilizou-se a análise de conteúdo de Bardin. Os dados foram alocados por meio dos seguintes categorias: natureza da pesquisa e mecanismos de geração de inovação. Diante do estudo verificou-se que entre os 144 projetos analisados, a maioria se refere a pesquisa básica e a pesquisa aplicada, totalizando 129 frequências de unidades de registro, e somente 15 projetos apresentaram soluções técnicas potencialmente inovadoras. No que diz respeito aos editais infere-se que os mesmos foram instrumentalizados por critérios de julgamento satisfatórios com os objetivos que regem o Programa. Recomenda-se que as futuras edições estabeleçam limites de financiamento para cada modalidade de pesquisa, básica, aplicada e tecnológica e/ou inovação.