As áreas Aeroespacial e de Defesa são caracterizadas por serem importantes setores da economia nacional, quer pelo seu elevado conteúdo científico, tecnológico e de inovação, quer pelos produtos de alto valor agregado. A Força Aérea Brasileira possui uma longa história de pesquisa e desenvolvimento, por meio de suas Instituições de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação, e tem participado de atividades de estímulo à indústria de defesa, mas os resultados alcançados estão abaixo do esperado, tendo em vista seu grande potencial tecnológico. Deste fato decorre o objetivo deste trabalho, qual seja, apresentar o Sistema de Inovação da Aeronáutica e os motivos que levaram à sua criação, visando uma efetiva gestão da inovação no âmbito da FAB, utilizando um modelo sistêmico de governança. Esta pesquisa exploratória utilizou como procedimentos técnicos a Pesquisa Bibliográfica e Documental, além de Levantamento, pois envolveu entrevistas com pessoas que tiveram experiências práticas com o problema pesquisado. Os resultados demonstraram que o Sistema de Inovação da Aeronáutica pode ser uma resposta adequada aos problemas de deficiente comunicação e coordenação das diversas instituições de pesquisa e desenvolvimento envolvidas, pois possibilitou uma gestão mais efetiva dos processos ao se estruturar de forma sistêmica. Acredita-se que este trabalho poderá contribuir com a gestão da inovação em outras instituições, ao passo que dará publicidade a respeito das modificações trazidas pelo SINAER e servir de exemplo ou estudo de caso, podendo até ser replicado.